Los polifosfatos contienen múltiples átomos de fósforo conectados entre sí a través de un puente de oxígeno. El polímero de fosfato inorgánico contiene generalmente de 3 a 15 unidades. Los polifosfatos contienen átomos de oxígeno cargados negativamente que atraen cationes cargados positivamente como calcio, hierro, etc. Esta atracción es capaz de secuestrar (combinar) con eficacia los cationes, formando un complejo que interfiere con la formación de depósitos. Se debe alcanzar una concentración umbral antes de que los polifosfatos puedan prevenir la formación de incrustaciones de carbonato de calcio en concentraciones con niveles bajos de sobresaturación. De la misma forma, el polifosfato se combina con hierro y manganeso para prevenir manchas rojas y negras, respectivamente. La eficacia del polifosfato está limitada por la reversión al ortofosfato en determinadas condiciones de funcionamiento.